Документальный фонд музея включает более 1000 дел, в том числе: больничные отчеты; делопроизводственные документы и переписка; протоколы научных конференций и ведомственных совещаний; личные дела сотрудников; медицинские документы (истории болезней, анамнезы, протоколы вскрытий, журналы консультаций); письма и заявления пациентов и их родственников; научные доклады, рукописи статей, диссертаций и монографий; воспоминания психиатров; Кроме того, в архиве хранятся личные фонды врачей (В.А. Гиляровского. П.Б. Ганнушкина, С.Д. Душейко, И.А. Шишкиной, М.А. Джагарова, А.Н. Залманзона и др.).
